ある日冬樹のもとに届いた、ケロロそっくりの奇妙な石像。その謎を解き明かすためにケロロと冬樹の大冒険が始まる! 舞台は遥か 地球（ペコポン）の裏側の、神秘に満ちた絶海の孤島イースター島。
そこに駆けつけたケロロ小隊と仲間たちの前にあらわれたのは、愉快な精霊マナ、不思議な双子イオとラナ、そして永い眠りから復活した、恐るべき伝説の邪霊アクアク。
果たして石像の正体は? そして驚きの“究極の戦士（ケロロ）”とは･･･?

記念すべき第5弾はシリーズ最大・最凶の敵と大激突!!
どうなる、ケロロ小隊!?