賢者の石を探して旅をする天才錬金術師とその弟の戦いと冒険を描く。荒川弘の大ヒットコミックをＴＶ化。史上最年少で国家錬金術師の称号を得た天才少年エドワード・エルリック。彼は幼い日に亡くなった母親を生き返らせるため、弟のアルフォンスとともに、禁断の錬金術・人体錬成に手を出してしまう。だが、術は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全部を失ってしまう結果に…。エドワードは自分の右腕を犠牲にして、アルフォンスの魂を機械鎧に定着。失ったものを取り戻すために、絶大な力を持つ賢者の石を求めて旅に出る。

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