“シティーハンター”は、冴羽獠と槇村香、二人組のプロのスイーパー。ボディーガードから殺しまでどんな依頼でも、一度引き受けたからにはパーフェクトにこなす。依頼方法は、新宿駅東口の伝言板に自分の連絡先と「XYZ」と書くこと。これは後が無いという意味なのだ。今日もシティーハンターは、ライバルの海坊主や刑事の野上冴子などとともに、法では裁けない悪に立ち向かい、新宿の街で大活躍するのだった。
ある日、ロスから来た金髪美女エミリーが、獠にボディーガードを依頼してきた。1ヶ月間のボディーガードで、報酬は百万ドルとモッコリ一発。そんなときに香は海坊主から、「獠にロスから殺し屋が差し向けられた」と聞かされる。香が少しでも多くの情報を得ようと、獠とエミリーを海坊主の所へ引っ張っていったその時、ラジコンヘリコプターが襲い掛かってきた。それは、ロスの殺し屋・ダグラスが操縦するものだった。
このことがきっかけで、エミリーがCIAのエージェントであり、兄の仇であるダグラスに復讐するため、ターゲットである獠に近づいたことが分かる。復讐に燃えるエミリーに、獠は「トリガーは憎しみで引くものじゃない。心で引くものだ」と説く。しかし、エミリーと香はダグラスに捕らわれてしまった。
捕らわれた先で香たちが出会ったのはエミリーの上司・ディックであった。実は、ダグラスを雇ったのはディックだったのだ。ディックは東側との二重スパイであり、それをネタに揺するダグラスを獠にぶつけることで始末しようとしていたのだ。そして、秘密を知ったエミリーの兄をしたのもディックだった。ディックの思惑通りダグラスに勝つ獠。しかし、ダグラスは最後の力を振り絞って爆弾つきのラジコン飛行機をディックとエミリーに向けて飛ばした。その時、エミリーは獠の言葉を思い出し、自分の復讐心とともに、ラジコン飛行機を打ち砕いたのだった。こうしてエミリーは、二重スパイであるディックを逮捕・連行してロスへと帰っていった。