NieR:Automata Ver1.1a(第２クール)

西暦5012年。
突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、
彼らが生み出した＜機械生命体＞により、人類は絶滅の危機に陥った。
月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、
＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。
しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、戦いは膠着状態に陥る。
人類は最終兵器として、新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を地球へと派遣した。

西暦11945年。
「第243次降下作戦」が決行され、
新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が地球へと派遣される。
両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び＜イヴ＞の撃破に成功。
これを敵の殲滅、及び永きに亘る戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、
機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。

これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、戦いと願いの記録――。